معصومه حائری فرزند مرحوم آیت‌الله شیخ مرتضی حائری و از خاندان آیت الله العظمی شیخ عبدالکریم حائری بنیان گذار حوزه علمیه قم بود.

  او در تاریخ 17 فروردین ماه سال 1333 با حاج آقا مصطفی خمینی ازدواج کردند.

                                      حسین خمینی در گفت‌وگو با نشریه‌ی «حریم ‌امام» 

حاصل ازدواج معصومه حائری با سید مصطفی خمینی 4 فرزند بود، دو تن از فرزندانشان در کودکی از دنیا رفتند، و یک پسر به نام حسین و یک دختر به نام مریم از او به یادگار مانده است. او در دوران تبعید حضرت امام (س) و مصطفی در عراق حضور داشتند، و چند سال درر کنار امام خمینی و همسر او زندگی می‌کردند.

             حضور حسین خمینی در ۲۹‌مین سالگرد درگذشت حاج سید احمد خمینی اسفند 1402

گفتنی است مواضع انتقادی و صریح سید حسین خمینی که اوایل انقلاب فعال بود بعد از عزل اولین رییس جمهوری ایران صریح‌تر شد و سپس از متن به حاشیه رفت و  خبری از او نبود تا نزدیک ۲۰ سال قبل که باز با سخنی و سفری غیر منتظره در رسانه ها مطرح و بعد باز حاشیه‌نشین شد.

خواهر او مریم هم سال‌هاست در ایران زندگی نمی‌کند.

                                         امام خمینی و مصطفی خمینی در نجف

معصومه حائری در گفت وگویی که آبان نماه 1400 با پایگاه خبری جماران، نزدیک به بیت امام خمینی داشت درباره ویژگی های همسرش مصطفی خمینی گفته بود: آقا مصطفی مثل بقیه آخوندها و روحانیون نبود و خیلی مدرن و امروزی بود و مثل برخی از روحانیون در خیلی از مسائل و موضوعات از جمله حجاب، سختگیری نمی‌کرد و به من نمی‌گفت این جوری رو بگیر و یا آن‌گونه که در میان زنان نجف، به‌خصوص زن‌های روحانیون متداول و متعارف بود، از من نمی‌خواست مثل آن‌ها پوشیه بزنم؛ ولی دیگران در این زمینه سختگیری می‌کردند و اگر بدون پوشیه بیرون می‌آمدیم، به امام خبر و گزارش می‌دادند.

یادم هست یک روز که پوشیه‌ام را روی صورتم نینداخته بودم، یک روحانی دنبالم آمد و گفت پوشیه‌ات را روی صورتت بینداز، اما من اعتنا نکردم و به راهم ادامه دادم، ولی او دست بردار نبود و تا درب منزل مرا تعقیب کرد و به دنبالم آمد و خانه را شناسایی کرد و بعداً قضیه را به حاج آقا مصطفی گفت، اما حاج آقا مصطفی که اصلاً به این چیزها اعتقاد نداشت، به جای این که دل به دل او بدهد، چند تا بد و بیراه به او گفت. آقا مصطفی اصلاً از وضعیت نجف راضی نبود و می‌گفت اگر به خاطر امام نبود، در این‌جا نمی‌ماندم و به ایران برمی‌گشتم؛ البته جدا از وضعیت امام، خود ایشان هم اگر به ایران می‌آمد دستگیر می‌شد.

جزئیات بیشتر در خصوص نحوه ازدواج و دیگر خاطرات ایشان را می توانید در مصاحبه او در خصوص زندگی مشترک و خصوصیات همسرشان که پیش از این در جماران منتشر شده است، مطالعه کنید.