توکلی در سال های گذشته بیش از پیش درگیر بیماری بود و از سال ۱۳۹۶ که به عنوان عضو حقیقی مجمع تشخیص مصلحت نظام منصوب شد، فعالیت سیاسی دیگری ندارد.

او سال ۱۳۹۴ سازمان غیردولتی دیده بان عدالت و شفافیت را تاسیس کرد و همچنان نیز مدیریت آن را بر عهده دارد. سال ۱۳۹۸  توکلی در نامه ای به سیدابراهیم رئیسی، رئیس وقت قوه قضائیه از زمینخواری دو مامور امنیتی درقزوین خبر داد. او همچنین پس از حواشی مربوط به پرونده زمین ازگل و کاظم صدیقی، خواستار ورود مدعی العموم به این پرونده شد.